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ドイツの政策は国ごとに異なり、直接的で過酷な占領と協力的な政権に依存するものがありました。フランスは占領地と非占領地に分けられ、それぞれに異なる政策が適用されました。
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戦間期、フランスは東ヨーロッパからの多くのユダヤ人移民を受け入れる点で、比較的自由主義的な国の一つでした。第一次世界大戦後、何千人ものユダヤ人がフランスを平等と機会の地として捉え、その首都パリはユダヤ文化生活の活気ある中心地となりました。
しかし、1930年代になると、ナチス・ドイツやスペイン内戦から逃れてきた多くの難民の流入に不安を感じたフランス第三共和政（1870年–1940年）の指導者たちは、この「開放政策」を再評価し始めました。1939年までにフランス当局は移民に対する厳しい制限を課し、南フランスのギュール収容所やリヴザルト収容所など、難民のための多数の抑留・拘留キャンプを設置しました。
1940年初夏、ドイツの攻撃を受けて第三共和政が崩壊した際、フランスには約35万人のユダヤ人がいました。そのうち半数未満がフランス市民でした。これらの多くは、ナチスの迫害から逃れてきた難民であり、ユダヤ人やその他の迫害を受けた人々が、ドイツ占領下のベルギー、ルクセンブルク、オランダから逃れて、1940年夏にはフランスに加わることになりました。
1940年5月10日、ドイツ軍はフランスに侵攻しました。1940年6月22日、フランスはドイツと停戦協定を結び、6月25日に発効しました。停戦協定の条件の下で、ドイツはアルザスおよびロレーヌ地方を併合しました。この地域はドイツと国境を接しており、長年にわたり両国間で争いの種となっていた土地でした。
ドイツ軍はフランス北部と西部の残りの地域を占領し、占領地の管理は占領下のベルギーと共に「軍司令官」（Militärbefehlshaber）の指導のもと行われました。1940年10月から1942年3月まで、オットー・フォン・シュトゥルプナゲル将軍がこの職務を務めました。彼のいとこであるカール・ハインリヒ・シュトゥルプナゲル将軍は、1942年3月にベルギーとフランス北部の軍司令官に任命され、1944年7月20日のヒトラー暗殺未遂事件後に逮捕されるまでこの職を保持していました。
しかし、1940年から1941年の冬の時点で、SSおよび警察はシュトゥルプナゲルのスタッフ内に組織を確立していました。SS大佐ヘルムート・ノッヘンは治安警察およびSDの司令官（Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des SD, BdS）を務め、SSキャプテンのテオドール・ダンネッカーは、アドルフ・アイヒマンの指揮するライヒ中央治安局（Reichssicherheitshauptamt, RSHA）のユダヤ人事務所の代表として活動していました。1942年3月、占領下フランスおよびベルギーの軍司令官が交代し、フランスのユダヤ人の追放準備が進む中で、ライヒスフューラーSSハインリヒ・ヒムラーはSS少将カール・オーバーグをドイツ占領フランスの上級SSおよび警察指導者（Höherer SS- und Polizeiführer, HSSPF）に任命しました。
1941年3月、ヴィシー政権はユダヤ人問題を統括するため、ユダヤ問題総局（Commissariat Général aux Questions Juives）という中央機関を設立し、反ユダヤ法令や政策の調整を行いました。ラヴァル政府は、ユダヤ人から没収された物品や資産がドイツの手に渡らないようにすることに懸念を示し、1941年7月に「アリアン化」（「アーリア化」）という広範なプログラムを導入し、ユダヤ人所有の財産をフランス国家に没収しました。アリアン化政策はフランスのユダヤ人の大多数を困窮させ、特に外国からのユダヤ人に深刻な影響を及ぼしました。フランス当局は、フランスが管理する収容所（グール、サン・シプリアン、リヴザルト、ル・ヴェルネ、レ・ミル）で何千人ものユダヤ人を劣悪な条件の下に収容し、戦争の期間中に少なくとも3,000人が死亡しました。
1942年1月20日のヴァンゼー会議を受けて、ドイツ当局はフランスや他の西ヨーロッパ諸国からのユダヤ人の強制移送の準備を進めました。1942年3月にオーバーグが任命されたことで、このプロセスは加速しました。最初の移送は1942年3月27日にコンピエーニュからアウシュヴィッツに向けて1,000人以上のユダヤ人を乗せた列車が出発しました。さらに、1942年5月29日、ドイツ当局は6月7日から施行されるユダヤ人に黄色の星を着用させる命令を発令しました。
1942年夏と秋の間にフランスからのユダヤ人強制移送は、ペタン政権の主要支柱であったカトリック教会内および一般市民の間で大きな抗議を引き起こしました。ラッツィアやヴェロドローム・ダヴェールでの収容など、強制収容の残虐さは公衆の怒りを呼び起こしました。特に、移送過程で子供たちが家族から引き離された最初の決定に対しては強い批判が寄せられました。
ドイツの強制移送活動と協力することで占領下のフランスに対する独立性を高めようとするヴィシー政権の計画は失敗に終わりました。フランスのユダヤ人国民を守るために外国人ユダヤ人を引き渡すというペタン政権の意図は、次第にヴィシー当局をドイツ当局が求めるすべての移送クォータを満たすことに追い込む結果となり、ドイツ側は国籍や市民権といった細かい問題を気にしませんでした。
1942年11月、ドイツ軍はヴィシー政権の「自由地域」を占領しました。ドイツの同盟国であるイタリア軍は、1940年にフランスの南東部を占領していました。イタリア当局は、他の占領地と同様に、反ユダヤ法の厳格な施行を拒否し、ドイツ当局の繰り返しの要求にもかかわらずユダヤ人をドイツの官僚に引き渡すことを拒否していました。何千人ものユダヤ人がイタリア占領地域で保護を求め、受け入れられましたが、この地域は1943年9月、イタリアが降伏した際にドイツ軍に占領されました。
ドイツ当局は1943年1月からフランスからのユダヤ人輸送を再開し、1944年8月まで続けました。最終的に、フランス領内に住む約77,000人のユダヤ人が強制収容所や殺害センターで命を落としました。その大多数はアウシュヴィッツで命を落とし、またはフランス領内で拘束中に死亡しました。これらの犠牲者の三分の一はフランス国民でした。
フランス当局は、ドイツからの要求に応じて外国人や無国籍のユダヤ人を強制的に deport することには躊躇しなかったものの、フランス人ユダヤ人をドイツの要求に従って犠牲にすることには消極的でした。1943年に deportation が再開されると、ドイツの管理者はフランスの警察が地元のユダヤ人を摘発する意欲に欠けていると感じ、ラヴァル自身はフランス人ユダヤ人の市民権を剥奪して deportation を容易にすることを拒否しました。フランス当局の妨害により、フランス国籍を持つユダヤ人の大多数はホロコーストを生き延びました。
それでも犠牲となった命の数は膨大でした。歴史家マイケル・マラスは、「フランスでの'最終解決'は最初から最後までナチスのプロジェクトであった」と述べていますが、ドイツ当局がフランスからこれほど多くのユダヤ人を deport することに成功したのは、フランス警察と行政の協力と支援があったからこそである可能性が高いと指摘しています。
1944年6月6日のノルマンディー上陸作戦は、フランスの解放の始まりを告げました。フランスのレジスタンスは、連合軍のこの努力を支援する上で重要な役割を果たしました。フランスの抵抗運動のメンバーは、すべての経済階層や政治的スペクトルのあらゆる要素から来ていました。保守的な民族主義者、カトリックおよびプロテスタントの聖職者、迫害されているユダヤ人コミュニティのメンバー、リベラルな共和主義者、社会主義および共産主義左派の活動家たちです。
占領時代、レジスタンスの細胞はドイツおよびコラボラトリスト当局に対してサボタージュやゲリラ活動を行い、ユダヤ人や他の迫害対象者のために身分証明書や書類を発行し、ユダヤ人、強制労働者、連合軍の捕虜やドイツ軍に閉じ込められた兵士たちのための脱出ネットワークを維持していました。今、レジスタンスグループはドイツ軍に対する連合軍の進軍を加速する手助けをしました。3ヶ月以内に国は解放されました。
1944年8月25日、パリのドイツ軍は降伏しました。翌日、自由フランス軍（Forces Françaises Libres、FFL）の指導者であり、フランス共和国臨時政府の大統領であるシャルル・ド・ゴール将軍は、フランスの首都に凱旋して入城しました。
解放後すぐに、臨時政府はフランス抵抗運動に対抗するために作られた最も重要な準軍事組織であるミリス・フランセーズ（フランス民兵）など、多くのコラボラトリスト組織を解散させました。
協力者に対する民衆による審判と即決裁判の後、臨時政府はヴィシー政府の主要な幹部に対する一連の裁判を開始しました。ペタンの下でフランスの国家大臣を務めたピエール・ラヴァルと、ミリスの指導者であるジョセフ・ダルナンは、反逆罪で有罪判決を受け、1945年10月に処刑されました。1945年8月15日、ペタン元帥も反逆罪で死刑を宣告されましたが、第一次世界大戦での功績とその高齢（ペタンは当時89歳）を考慮して、ド・ゴールはペタンの刑を終身刑に減刑しました。ペタンは1951年に死亡しました。
1970年代中頃から、フランスの司法はナチスのジェノサイドにおけるそれぞれの役割に関して人道に対する犯罪で数名を起訴しようとする努力を始めました。この努力の最初の成功は、1987年のクロース・バルビー（リヨンの虐殺者）の裁判で、フランスの裁判所は彼がジュラ村で隠れていたユダヤ人難民の子供たちの deportationと死亡に関与した主な役割について終身刑を宣告しました。
もっと重要だったのは、ユダヤ人に対する犯罪やフランスでの「最終解決策」の実行に関与した3人のフランス人と元ヴィシー政府の官僚に対する訴訟です。1991年、フランスの司法当局は、ヴィシー警察の元事務総長であるルネ・ブスケを起訴しました。ブスケは1942年7月に約10,000人の外国人ユダヤ人の移送を交渉し、同月にはパリのヴェロドローム・ディヴェールでフランス警察によって13,000人のユダヤ人が取り囲まれたことを命じた人物です。精神的に病んでいたクリスチャン・ディディエは、クロース・バルビーの命を狙ったと主張し、1993年6月8日にパリの自宅でブスケを暗殺しました。ブスケの裁判が始まる直前のことでした。
1994年、ヴェルサイユの裁判所は、リヨン地方でミリスの第二部門（諜報部門）の責任者だったポール・トゥヴィエを、リリュー＝ラ＝パープ近郊で7人のユダヤ人の人質を殺害した罪で終身刑にしました。トゥヴィエは1996年にフレーヌの刑務所で前立腺癌で亡くなりました。
1998年、ボルドーの裁判所は、1942年から1944年の間にボルドーの警察署長として1600人以上のユダヤ人の移送に関与したモーリス・パポンを人道に対する犯罪で有罪判決を下しました。パポンは最初、10年の刑を逃れるためにスイスに逃亡しましたが、1999年にフランスへの引き渡し後、収監されました。92歳で2002年9月に健康理由で釈放され、2007年2月に死亡しました。
これらの訴訟は、「暗黒の年」(Les Années Noires) と呼ばれるドイツ占領時代の協力の遺産が現在のフランスの政治や文化に今なお影響を及ぼしていることを示唆しています。
